承接产业转移给巢湖水环境保护带来巨大压力，滨湖城市建设对水环境保护提出更高要求，巢湖流域农业面源污染防治形势严峻。

2008年年初，安徽省制定了《巢湖流域水环境综合治理总体方案》。当时提出的近期目标是力争用5年的时间(到2012年)，使湖体富营养化加重趋势得到遏制，环湖支流水质有所改善：城镇生活污水处理率达到80％，农村达到20％，畜禽粪便无害化处理率达到50％，恢复沿湖湿地15平方公里，水土流失面积减少40％以上。

不过，至2012年末，这些目标无一达成，巢湖水质并没有明显改观，“蓝藻”事件时有发生。2012年7月更是爆发大面积“蓝藻”，60平方公里湖面一片绿色，此次事件更引起国内外的高度关注。

记者对比安徽省环境监测中心站发布的巢湖水质月报数据后发现，自2012年1月至2013年7月，巢湖全湖水质无明显变化。最新发布的2013年7月监测数据还显示，巢湖市第二水厂水源地总磷超标0.16倍，桐城市镜主庙水库水源地pH值超标。

针对重点流域污染加剧的问题，环境保护部、国家发展和改革委员会、财政部和水利部在2012年5月17日联合发布了《重点流域水污染防治规划(2011－2015年)》，明确要求到2015年，重点流域总体水质由中度污染改善到轻度污染，Ⅰ－Ⅲ类水质断面比例提高5个百分点，劣Ⅴ类水质断面比例降低8个百分点。

为改善巢湖水质，安徽省也按上述规划要求实施了相关项目。但在2012年的考核中，巢湖流域12个国家考核断面中仅有4个达到2012年考核要求，巢湖流域治污项目完工率仅为15%。

在污染没能得到有效治理和控制之后，巢湖水质没有明显改善。安徽省发改委、环保厅等多个部门联合编制的《巢湖流域水污染防治“十二五”规划编制大纲》称，“十二五”治污形势并不乐观。

这些困难包括：承接产业转移给巢湖水环境保护带来巨大压力，滨湖城市建设对水环境保护提出了更高要求，巢湖流域农业源污染防治形势严峻等，巢湖治理长期性与水环境改善迫切性矛盾日益突出。

比如，巢湖流域作为皖江城市带承接产业转移示范区的重要组成部分，将承接机械设备制造、汽车、化工、钢铁、建材等产业，初步预测到2015年巢湖流域工业废水和主要污染物产生量将增加30%以上，水环境风险防范压力进一步增大。

此外，巢湖流域耕地面积约48万公顷，在耕作过程中每年流失的化肥施用量约为30万吨，种植业总氮、总磷流失量分别为10352 吨和 601 吨；畜禽养殖等农业面源污染也较严重，缺乏有效治理措施，加剧了巢湖富营养化。

在2012年完成区域调整之后，巢湖成为合肥市的“内湖”。为有效控污，合肥市在先期启动巢湖流域水环境综合治理项目之后，又实施环巢湖生态保护与修复一、二期工程，此项工程预计投资300亿元。

不过，环巢湖生态修复项目进展依然不理想。合肥市发改委的数据表明，至2013年9月末，一期工程仅完成实际需要投资的46.6%、部分项目仅完成14%至18%不等。而按照工作进度，一期工程目前需要完成投资80%。